Палеонтологічний літопис дозволяє встановити спорідненість між класами тварин. Наприклад, знайдені залишки пернатих динозаврів нептахів свідчать про походження птахів від перших. Біогеографія та ембріологія також дають інформацію про еволюційну близькість видів.