Головні річки – Виг і Кемь, дещо менші за протяжністю Воньга, Шуя, Поньгома, Кузема, Сіг, Кереть (Карельський берег), а також Сума, Вірма, Колежма, Нюхча (Поморський берег). До басейну Балтійського моря належать річки, що впадають в Онезьке та Ладозьке озера: Суна, Шуя, Олонка, Відлиця, Тулемайокі.
Територія Республіки Карелія відноситься до двох басейнових округів – Балтійського та Баренцево-Біломорського. В цілому, в Карелії налічується близько 27 тис. рік та понад 61 тис. озер.
Петрозаводськ розташований на узбережжі Петрозаводський губи Онезького озера. Через територію міста протікає кілька несудноплавних рік. Дві з них – Лососинка та Неглинка – не дуже великі, але місцями мають досить бурхливу течію.