Основними та найпопулярнішими маркерами є маркери із системою pump, тобто із системою, яка підкачує фарбу в перо. Принцип системи дуже простий: при натисканні на поверхню стрижень пружинить і заповнюється фарбою. За допомогою цих маркерів можна "тегати", залишаючи патьоки, що нині дуже модно.
Деякі виробники запевняють, що маркер на водній основі не висихає навіть у відкритому стані. «Водні» маркери без запаху, нетоксичні та не розпливаються на будь-яких поверхнях. Спиртові фломастери мають яскраво виражений запах спирту, який швидко випаровується, високотемпературною стійкістю.
Фарба спиртових маркерів дуже міцно тримається на поверхні матеріалу; її можна видалити лише спиртом. МАРКЕРИ НА В ОДНІЄЇ ОСНОВІ призначені для малюнків на папері та картоні, та мають яскраво виражений акварельний ефект: напівпрозорі кольори та відтінки імітують роботу художника акварельними фарбами.