Контртерористична операція (КТО) на території Чечні була оголошена невдовзі після цього у вересні 1999 року. Активна фаза бойових дій тривала до кінця лютого 2000 року і завершилася зі взяттям федеральними силами під контроль Шатойського району Чечні.
Активна фаза бойових дій тривала з 1999 по 2009 рік, потім, у міру встановлення контролю Збройними силами Росії над територією Чечні, перейшла у відання місцевих чеченських сил самоврядування та самооборони. З 0 години 16 квітня 2009 року режим КТО скасовано.
За 8 місяців 1994 року було скоєно 120 озброєних нападів, внаслідок яких пограбовано 1156 вагонів та 527 контейнерів. Збитки становили понад 11 мільярдів рублів. 1992—1994 року внаслідок озброєних нападів загинуло 26 залізничників.