Відомо, що за надмірної кількості амоксициліну в сечі, він може кристалізуватися і спричиняти зміни функції нирок. Ниркова дисфункція проявляється насамперед гематуією та оліго- або анурією. В інструкції до препарату кристалурія оцінюється як рідкісне або дуже рідкісне небажане явище.
Для лікування всіх форм пієлонефриту використовують антибіотики різних груп (пеніциліни, цефалоспорини, фторхінолони тощо) такі як амоксицилін, ампіцилін, гентаміцин, цефаклор, ципрофлоксацин тощо.
Негативний вплив на нирки (нефротоксичний ефект) проявляється: підвищеною спрагою, прискореним або рідкісним сечовипусканням, появою крові в сечі тощо. Нефротоксичний ефект мають антибіотики з групи аміноглікозидів, цефалоспоринів.