Мікропеніс лікується здебільшого з використанням гормональних препаратів під контролем ендокринолога, який займається статевою патологією у хлопчиків. У разі вад розвитку кавернозних тіл і голівки статевого члена виведення статевого члена проводиться під час операції паралельно з відновленням недорозвинених структур.
Мікропенія – це аномальне зменшення довжини статевого члена на більш ніж 2,5 SD у здорових хлопчиків, що в дорослому стані може спричиняти утруднення в повноцінному статевому житті.