У стані стресу порушується робота вегетативної нервової системи, що відповідає за передачу імпульсів з мозку до інших відділів організму, у тому числі в кишечник. В результаті дисбалансу трапляється збій моторики кишечника, через що і виникають симптоми СРК.
Коли людина відчуває стрес або тривогу, мозок виділяє гормони, такі як серотонін, адреналін та кортизол. Це своє чергу підвищує кількість серотоніну в кишечнику та викликає спазми шлунка. Якщо ці спазми відбуваються по всій товстій кишці, може виникнути діарея.
Коли людина відчуває стрес, мозок посилає сигнали в організм і зосереджується на життєво важливих процесах та ігнорує травлення. Від цього зменшується приплив крові в ШКТ та скорочення м'язів кишечника та шлунка, а також скорочується секреція ферментів травлення.
Стрес провокує зміни кровотоку кишечника та змінює активність імунної системи – в результаті стінки кишечника стають чутливими до подразників. При психологічному стресі склад мікробіоти змінюється і кількість патогенних мікроорганізмів збільшується.