Знезараження є головною ланкою у боротьбі з мозаїкою томатів. Насіння замочується в марганцевокислому калії 1%, NaOH 2%, HCI 2% або Na3P04 10% відповідно на 60, 30, 30 і 15 хв. Потім насіння промивається і сушиться. Термічне знезараження застосовується для запобігання внутрішньому зараженню насіння.